Muzej Kamnik, predhodnik današnjega Medobčinskega muzeja Kamnik, je 4. decembra 1961 ustanovil OLO Kamnik. K ustanovitvi je leta 1964 pristopila tudi občina Domžale. Na podlagi Zakona o uresničevanju javnega interesa za kulturo je bil kot pravni naslednik ustanovljen Medobčinski muzej Kamnik, ki so ga ustanovile Občina Kamnik s sklepom sveta 16. decembra 2003, Občina Komenda 18. decembra 2003 in Občina Trzin 15. decembra 2003. Odlok o ustanovitvi javnega zavoda Medobčinski muzej Kamnik je bil objavljen 16. januarja 2004 v Uradnem listu RS št. 3/2004.
Muzej je edini javni zavod, ki skrbi za varovanje, hranjenje in predstavljanje premične kulturne dediščine na širšem kamniškem območju ter je vpisan v razvid pooblaščenih muzejev Ministrstva za kulturo RS, kar potrjuje, da izpolnjuje predpisane strokovne, tehnične in prostorske pogoje za izvajanje državne javne službe muzejev. Ustanoviteljica muzeja je Občina Kamnik, vendar ta presega občinski pomen, kajti zadovoljuje potrebe prebivalcev tudi v občinah Komenda in Trzin, ki sta prav tako soustanoviteljici javnega zavoda. Delovanje javnega zavoda sofinancira Ministrstvo za kulturo RS.
Ob opravljanju državne in lokalne javne službe muzeja, to je zbiranja, varovanja, raziskovanja, evidentiranja, dokumentiranja in predstavljanja muzejskega gradiva, je nastala obsežna dokumentacija, v kateri hranimo kartoteke predmetov, fototeko, filmoteko, negativoteko, diateko, hemeroteko, risbe arheoloških predmetov, inventarne in akcesijske knjige. Prav tako je nastajala strokovna knjižnica, ki hrani temeljno literaturo strok, s katerimi se ukvarja muzej, in domoznansko literaturo. Muzej sodeluje s skupnostmi, društvi in posamezniki, ki v okviru svoje dejavnosti ali v zvezi z njo pripravljajo zbirke, razstave in druge oblike predstavljanja premične kulturne dediščine, ter jim strokovno pomaga. Prav tako opravlja mentorsko delo pri različnih raziskovalnih nalogah.
Z zbiralno politiko so se izoblikovale bogate muzejske zbirke, ki se dopolnjujejo z nakupi, darili, arheološkimi izkopavanji. Muzejske zbirke predstavljamo na občasnih in stalnih muzejskih razstavah na gradu Zaprice in v Galeriji Miha Maleš. Prav tako tudi redno gostujemo po drugih slovenskih muzejih in v razstaviščih občin soustanoviteljic, torej v Trzinu in Komendi. Izdajateljska dejavnost ob razstavah v obliki vabil, plakatov, zloženk, katalogov še dopolnjuje kulturno-turistično ponudbo.
Obiskovalcem različnih starosti so namenjene pedagoške in andragoške dejavnosti muzeja (otroške delavnice, predavanja, vodstva). Raznovrstni pedagoški programi v muzej privabljajo vedno več zadovoljnih mladih raziskovalcev, saj jim omogočajo neposreden stik z zgodovino, umetnostjo, vsakdanjim življenjem, šolskim skupinam pa popestrijo in v drugačni obliki utrdijo učni program.
Edinstvena lokacija in ohranjenost grajskega kompleksa Zaprice (eden redkih ohranjenih gradov na kamniško-domžalskem območju) pa ponujata prostore za koncerte, predavanja, sprejeme, poroke, bankete in druge poslovne dogodke. V muzeju deluje tudi muzejska trgovina z bogato ponudbo publikacij, replikami muzejskih eksponatov in izdelki domače obrti.
